El MNA trabaja a través de una dirección general, una coordinación general y cuatro coordinaciones que dependen de ésta última; además de oficinas delegacionales en toda la República, que ponen en práctica las tres líneas de acción.


La dirección general del MNA está a cargo de la licenciada Astrid García Gallegos. Además de la Coordinación General, las otras cuatro coordinaciones se encargan de las áreas: Operativa Administrativa, Educativa, de Investigación Jurídica de Combate a la Corrupción y de Supervisión y Auditoria.